1946년 5월 1일 許逵, 李炳學, 朴鎭泳, 奇龍肅 등이 서울의대 미생물학교실에 모여 초대회장에 許逵, 부회장에 李炳學 등 임원을 선출함으로써 발족하게 되었다.
조선의학협회 재발족 총회에 許逵 회장과 李炳學 부회장이 대의원으로 참석하였다. 정부가 수립된 직후인 1948년 11월 16일 서울의대에서 열린 총회에서 학회 명칭을「대한미생물학회」로 개칭했다.
  1969년 2월 20일 캐나다 오타와에 있는 국제미생물학회(IAMS, 현재 명칭은 International Union of Microbiological Societies, IUMS)에 가입을 신청, 동년 6월 24일 프랑스 파리에서 개최된 국제미생물학회 집행위원에서 만장일치로 정식 가입되었으며, 다음해인 70년 8월 9일부터 15일까지 멕시코시에서 열린 국제미생물학회에 柳駿, 朴承咸 등이 참석, 국제 간의 학술교류의 발판을 마련한 바 있으며 현재까지 IUMS의 각 Division별로 개최되는 국제학회 때마다 다수 회원이 참가하고 있으며, 국내유관학회들과 National Committee(초대회장 趙敏基)를 구성하여 1999년 IUMS Joint Congress의 서울 유치를 신청한 바도 있다.
  1947년 11월 서울의대에서 제1차 대회를 개최한 이래 매년 정기적으로 열어오던 학술대회는 67년부터 봄/가을로 나누어 실시하고 있으며 (6.25동란기인 50년과 51년은 제외) 2000년 현재 제82차 학술대회를 개최하였다. 1997년부터는 춘계학술대회를 기초의학 종합학술대회와 공동으로 계최하고 있으며 2001년도부터 추계학술대회는 한국미생물연합 국제학술대회로 개최되고 있다.
국내의 미생물학 관련학회인 대한미생물학회, 대한바이러스학회, 한국미생물학회, 한국산업미생물학회, 한국균학회이 학술대회를 비롯한 사업을 공동으로 수행하기 위하여 한국미생물학회연합을 조직하고 2000년 11월에 창립 공동심포지움을 고려대학교 생명공학원에서 개최하였다. 참여학회가 추계학술대회를 공동으로 개최하기로 하고 2001년부터 한국미생물학회연합 국제학술대회를 개최하였다.
  일본과의 학술교류를 위하여 1991년부터 일본세균학회와 공동으로 정기 한일국제미생물학심포지움을 개최하기로 협의하여 1991년 10월 제1회 한일국제미생물학회가 서울63빌딩 Convention Center에서 그리고 1994년 10월에 일본 Fukuoka 대학에서 제2회, 1996년 11월에 대덕 Lotte Hotel에서 제3회, 1998년 10월 일본 Tokushima에서 제4회 한일국제미생물학회를 개최하였다. 제5회 한일국제미생물학회는 2000년 10월 경주 교육문화회관에서 개최되었다.
  학술지 「대한미생물학회지」는 57년 6월 창간되었다가 재정난으로 발행이 중단되는 어려움을 겪기도 했으나, 61년 10월 제2권 1호로 복간되었다. 매년 1회씩 펴내 오던 학술지 「대한미생물학회지」(ISSN: 0253-3162, CODEN: TMHCDX)는 회원의 증가와 연구활동이 활발하여 연구논문수가 불어남에 따라 85년에는 연2회, 86년부터 88년까지는 연4회, 89년부터는 격월로 연6회 발간하게 되어 2000년 현재 제35권이 발행되고 있다. 1997년말에 닥친 IMF여파로 학술연구비의 감소와 지원체계의 변화가 들이 닥쳐 회원들의 연구활동이 급격히 줄어들게 되었다. 이와 더불어 국제화의 여파로 국내학술지 게제기피 현상까지 겹쳐 학술지에 투고하는 논문이 급격히 감소하게 되어 기존의 체제로 학술지의 발행이 어렵게 되었다. 이를 타개하기 위하여 대한바이러스 학회와 협의하여 양학회의 학술지를 통합하여 공동학술지를 발행하기로 협의하고 대한미생물학회 및 대한바이러스학회 공동 학술지인 Journal of Bacteriology and Virology를 2001년부터 연4회 발간하고 있다.
  국제미생물학계와의 교류를 통해 미생물학의 분자생물학분야와 면역학분야에 관한 연구를 활발하게 추진하고 있으며, 응용미생물학분야에 관한 괄목할 만한 연구로 미생물을 응용한 생물학적 제재의 연구개발과 전염병의 역학적 조사 및 새로운 진단의 개발로 결핵을 비롯한 각종 전염병 관리에 크게 기여해 왔다. 특히 「한국형 출혈열의 병원체 발견과 연구」 등으로 1980년 대한민국 학술원상을 수상한 바 있는 李鎬汪의 연구업적은 세계의학사에 기록이 될만한 것이라 하겠다. 1984년 이후 회원들에 의해 렙토스피라증, 레지오넬라증, 후천성면역결핍증 등의 새로운 국내 발생 질환이 미생물학적 진단에 의해 확진된 바 있으며 쯔쯔가무시병, 발진열, 탄저 등의 국내 재발생 질환이 확인된 바 있다. 또한 괴사성 비브리오 감염, H. pylori 감염, 항생제 내성에 관한 심도있는 연구가 수행되고 있다. 현재 H. pylori, V. vulnificus, 결핵균, 그리고 O. tsutsugamushi의 유전체 전체 염기서열 결정사업을 학회 회원들이 주도적으로 수행하고 있다.
창립 초창기에는 미생물학에 관심을 가진 학회 회원 수는 30여명밖에 되지 않았다. 그러나 그 후 회원수가 점차 늘어나 88년도에는 222명 그리고 1993년에는 정회원이 369명으로 증가되었으며 2000년 현재는 531명으로 증가되었다. 초창기에는 동아제약, 한국화이자, 동신제약, 대한중외제약, 주식회사녹십자, 샘표식품공업주식회사 등 6개 메이커가 유지회원으로 가입되어 재정적인 지원을 한 바 있다. 1978년부터 미생물학 실습서의 발간 등 학회의 사업으로 기금을 조성하여 자체 운영되고 있으며, 2000년 현재 기본자산이 1억7천여만원으로 증액되었으며 1년 운영비는 7,000만원 정도이다.
   학회발간 의학미생물학실습서는 전국 의과대학의 의학미생물학 실습교재로 사용되어 지대한 학습효과를 거두어 온 바 있으며, 지속적으로 이루어지고 있는 미생물학분야의 기술발전에 부응하기 위해 내용을 대폭 수정 보완하여 1992년에 제4판을 발행하게 되었다.
  본 학회에서는 오랫동안 현안이었던 우리 글로 된 의학미생물학교과서 출판을 실현하기 위하여 1986년에 교과서출판 편집위원회를 구성하였으며, 교육을 담당하고 있는 많은 미생물학 교수들의 참여로 1991년 7월 “의학미생물학” 교과서를 출간하였고 1997년 2판이 출간되어 전국 의과대학의 미생물 교과서로 사용하고 있으며, 현재 개정판 출간이 추진되고 있다.
  회무는 임기 1년의 회장단 밑에 총무부장과 학술부장을 두어 집행하고 있다. 1970년부터 부회장제를 차기회장제로 바꾸어 회무에 참여시키고 있다.
  본 학회 내에는총무부위원회, 학술부위원회, 학회발전소위원회, 의학미생물학개정위원회,의학미생물학실습책개정위원회,한일국제미생물학심포지움조직위원회, 미생물용어제정위원회, 학술상심사위원회, 미생물학학습목표개정위원회등이 운영되고 있다.편집위원회는 본학회와 대한바이러스학회와 공동으로 구성하여 운영되고 있다.
또한 본 학회는 2008 년 9 월에 사단법인 등록을 하였습니다 .
(참조: 대한미생물학회 50년사, 대한미생물학회, 1996.)